Die Syntax von JavaScript ähnelt jener der C-Abkömmlinge, wozu auch Java gehört. Trotz der Namens- und syntaktischen Ähnlichkeit hat JavaScript nur geringe Gemeinsamkeiten mit Java, beispielsweise wird Vererbung in JavaScript anders als in Java nicht durch Klassen, sondern durch Prototypen unterstützt.

JavaScript und Java haben eigentlich garnichts gemeinsam.
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Entstanden sind sie völlig getrennt voneinander, das eine als Java, das andere als LiveScript.
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Dann haben Sun (die "Erfinder" von Java) und Netscape (die "Erfinder" von LiveScript) ne kooperation gebaut, damit JavaApplets mit LiveScript angesteuert werden können. Dann wurde LiveScript deswegen in JavaScript umbenannt.
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JavaScript wird nicht kompiliert und ist ohne Interpreter zwecklos. Ein solcher Interpreter ist z.B. in jedem modernen Browser eingebaut - aber auch die meisten Programme von Adobe haben einen JS Interpreter.
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Java hingegen wird in ByteCode "konvertiert" (ich nenne es mit Absicht nicht kompilliert), welcher dann von einem Interpreter (JavaVM) ausgeführt wird.
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Letztenendes ist das Ziel beider Sprachen ein anderes. JavaScript wird hauptsächlich für Webseiten verwendet und auf der Client Seite (beim Benutzer) ausgeführt. Java wird in der Regel für "normale" Programme verwendet, aber auch um Webseiten aus einer Datenbank zu generieren, allerdings auf dem Server und nicht beim Besucher. Natürlich gibts da dann auch noch die Applets, dass sind dann die Client-Programme, die man in Webseiten einbinden kann.
Java kann man als Programmiersprache bezeichnen, JavaScript ist eine Scriptsprache, sie wird nicht kompilliert und ist sehr eingeschränkt in dem was sie kann. (zum Glück)
Java hingegen kann theoretisch alles und ist "mit wohlwollen" eine Programmiersprache, aber eigentlich auch nur eine Scriptsprache, da die verwandlung in Bytecode ja immmernoch kein Binörprogramm draus macht.

(Quelle: http://www.gutefrage.net/frage/was-ist-der-unterschied-zwischen-java-und-javascript)